Sí, la anchoa y el boquerón son la misma especie (engraulis encrasicholus). En general, el término “anchoa” o “bocarte” (bokarta: en la costa cantábrica), se utiliza en el norte de España mientras que en la mitad sur se utiliza la palabra “boquerón».
Además, se suele utilizar el término “boquerón” cuando se presentan frescas o marinadas en vinagre, mientras que si han sido sometidas al proceso de salazón se las denomina anchoa o filete de anchoa.
Por lo tanto lo que les diferencia es la forma de elaboración, en resumen:
- Cuando se consume en fresco, suele denominarse bocarte y también anchoa.
- Si se elabora en conserva de salazón, se denomina anchoa.
- Si se elabora con vinagre o aceite, se denomina boquerón.
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Fuente: https://www.conservasortiz.com/sabias-que/preguntas-frecuentes/#3